Il Villino, sito in Via Colle San Bartolomeo, è una costruzione di stile neoclassico che risale al XIX secolo. Fu la dimora, negli ultimi anni della sua vita, del fondatore del Santuario di Pompei che l'acquistò il 23 maggio 1896 con atto del notaio Nappi. Inizialmente, si trattava di “un fondo rustico posto in territorio di Scafati, frazione di Valle, in luogo detto Lapillo, con un fabbricato di quattro stanze, scantinati, cisterne, giardino ed altri accessori, chiuso da mura oltre una striscia di terreno”; e fu acquistato al costo di 13.000 lire. Con atto del notaio Fienga, del 20 maggio 1922, Bartolo Longo donò la costruzione alla Santa Sede, nella persona del Card. Augusto Silj. Dopo la morte del Beato (5 ottobre 1926), l'immobile fu adibito a varie attività del Santuario, come la casa-famiglia per le orfanelle, il Seminario e la scuola elementare parificata. In seguito, per sopravvenute esigenze di spazio, la costruzione fu sopraelevata. Danneggiato dal sisma del 1980, l'edificio è stato consolidato e riportato alla sua struttura originaria nel 1985, collocandovi alcuni oggetti appartenuti a Bartolo Longo o legati alla sua storia. Il Villino è posto in una zona di Pompei topograficamente più alta rispetto al centro, a poca distanza dal Santuario. Presenta una struttura in muratura, costituita da piano cantinato, piano rialzato e primo piano, di complessive dieci stanze più accessori. Vi si accede da due ingressi: il principale ha due porte in legno, nella cui parte superiore vi sono riquadri di vetro colorato (giallo e blu) e un'ampia gradinata rivestita di marmo bianco. Le facciate presentano modanature di intonaco bianco e grigio, con bugnato al piano rialzato. La collezione museale è di tipo storico e contiene l'arredamento appartenuto all'avvocato Bartolo Longo e alla consorte, la contessa Marianna De Fusco. Nel Villino sono custoditi effetti personali e altro materiale di interesse storico, attinente sia alla fondazione e all'ampliamento del Santuario di Pompei  , sia ad altre attività promosse dal Beato, come la scuola di tipografia e legatoria o la scuola di incisione e intaglio. Questi oggetti sono collocati nelle diverse stanze: la ricomposta camera da letto del Beato, lo studio e una serie di preziosi cimeli storici consentono al visitatore di leggere la storia locale, attraverso l'infaticabile opera del fondatore di Pompei. Entrando, sulla parete di sinistra si trova una cartografia del XVIII secolo (Rizzi-Zanone), che illustra il territorio della Valle di Pompei prima della fondazione della città. Nella stanza a sinistra si conserva una carrozza coupée nera, simile a quella usata da Bartolo Longo nei suoi viaggi. Attraversando il corridoio si entra nello studio, nel quale si trova la scrivania, di pregevole fattura, del XIX secolo, e su di essa oggetti personali: un crocifisso in legno d'ebano e avorio del XVIII secolo, e un porta-calamaio in legno traforato del XIX secolo con la sigla B. L. Alle pareti vi sono quadri del XVIII e XIX secolo raffiguranti santi e, nelle vetrine, sono contenuti vari oggetti appartenuti al Beato: timbri e copie di documenti, un servizio di piatti in porcellana e un baule con sigla personale. La camera da letto è composta da mobili ottocenteschi: letto in tubolari di ferro, comodini con la cifra B. L., inginocchiatoio in legno, poltroncine in legno e velluto rosso; alle pareti vi sono quadri sette-ottocenteschi. Nella stanza attigua si trovano la prima campanella del Santuario per le processioni religiose, la cassaforte per i primi oboli dei devoti per la costruzione del tempio, il plastico della Basilica, alcuni calchi di gesso, con all'interno gli schizzi degli affreschi della cupola, realizzati da Angelo Landi, e il calco in gesso della statua della Madonna del Rosario, opera di Gaetano Chiaromonte, che sovrasta la facciata del Santuario. Nelle ultime due stanze sono sistemati alcuni oggetti d'uso a documentazione della vita ordinaria delle opere pompeiane: otri, pentolame e macchinari appartenuti alla scuola tipografica; alle pareti la fotografia del vulcanologo Giovanni Battista Alfano e oli su tela raffiguranti i collaboratori del Beato.